Auteur CDC/ Cynthia S. Goldsmith, Inger K. Damon, et Sherif R. Zaki
Il y a quelques années, des chercheurs ont recherché des traces génétiques de la variole, le virus responsable de la variole, dans les restes de 1867 personnes ayant vécu entre 30 000 et 150 ans. Dans les dents et les os de quatre Européens du Nord de l'ère viking, ils ont trouvé suffisamment d'ADN pour reconstituer des génomes entiers de la variole. Les virus séquencés n'étaient pas des ancêtres directs de la souche variolique redoutée qui a été éradiquée dans la seconde moitié du XXe siècle. Mais ils pourraient constituer un indice de la façon dont la variole est devenue si mortelle. www.science.org/content/article/will-monkeypox-virus-become-more-dangerous?utm_source=sfmc
En l'espace de 350 ans, le virus Viking a perdu plusieurs gènes, rapportent les chercheurs dans un article publié en 2020 dans Science. Les chercheurs avaient déjà observé ce schéma auparavant. Le virus moderne de la variole a également perdu plusieurs gènes dans un passé récent, mais à la suite de mutations différentes. Le fait de l'observer deux fois "suggère que la perte des gènes n'était pas un accident", explique Antonio Alcamí, virologue spécialiste de la variole au Centre de biologie moléculaire Sivero Ochoa de Madrid. M. Alcamí pense que ces pertes ont pu rendre la variole plus virulente, ce qui explique son taux de mortalité de 30 %. Dans le passé, la variole a pu être une "maladie bénigne très répandue", écrit-il dans un commentaire accompagnant l'article.
Maintenant, certains scientifiques se demandent : Est-ce que quelque chose comme ça pourrait se reproduire ?
Depuis le mois de mai, un cousin beaucoup moins mortel de la variole, le virus de la variole du singe, s'est répandu dans le monde entier, offrant au virus des possibilités sans précédent de changer et de s'adapter à la population humaine. Va-t-il évoluer pour devenir plus contagieux ou provoquer des maladies plus graves ?
Personne ne le sait, mais l'histoire récente du SRAS-CoV-2 offre une leçon qui donne à réfléchir. Après être apparu à Wuhan fin 2019, ce virus a d'abord donné naissance à une série de variantes capables de se propager beaucoup plus rapidement que leurs géniteurs, puis a encore évolué pour échapper à l'immunité humaine. Ses astuces ont surpris même certains scientifiques qui étudient depuis longtemps l'évolution virale. Le SRAS-CoV-2 a montré que "si un nouveau virus arrive dans un espace où il n'y a pas d'immunité, une adaptation rapide peut se produire", déclare Aris Katzourakis, virologue évolutionniste à l'université d'Oxford.
La variole du singe pourrait réserver à l'humanité des surprises tout aussi désagréables. En juillet, des chercheurs de Berlin ont publié une préimpression analysant les séquences génomiques de virus trouvés dans les lésions de 47 patients atteints de la variole du singe. Outre de nombreux petits changements, ils ont trouvé un virus dans lequel un gène entier était dupliqué et quatre autres avaient tout simplement disparu. Le dernier paragraphe de l'article se lit presque comme un avertissement : "Les conséquences des modifications des gènes de poxvirus dont les produits ne sont plus nécessaires dans un nouvel hôte ou dans un contexte autrement modifié sont imprévisibles", affirment les auteurs. "Le phénotype [du virus de la variole du singe] que nous connaissons depuis 64 ans pourrait ne pas ressembler à la variole humaine du futur proche.
De nombreux chercheurs estiment qu'il ne faut pas encore trop s'inquiéter. Geoffrey Smith, virologue spécialiste de la variole à l'université de Cambridge, doute que le virus de la variole du singe se transforme facilement en une version beaucoup plus virulente. Les génomes massifs des virus de la variole sont connus pour évoluer à un rythme lent, et ils ne s'adaptent pas facilement pour échapper à l'immunité, comme le fait si bien le SRAS-CoV-2. De plus, le SRAS-CoV-2 est un agent pathogène respiratoire extrêmement contagieux qui a infecté des centaines de millions de personnes au cours de sa première année dans la population humaine ; le monkeypox se propage principalement parmi les hommes ayant des relations sexuelles avec d'autres hommes, et seuls quelque 60 000 cas ont été signalés jusqu'à présent ; il a donc beaucoup moins de chances d'évoluer.
Cela pourrait toutefois changer. Selon Bernard Moss, chercheur chevronné sur les poxvirus à l'Institut national des allergies et des maladies infectieuses des États-Unis, un "mauvais scénario" serait que le virus évolue pour se répliquer plus rapidement chez l'homme. Cela lui permettrait d'infecter davantage de personnes, ce qui accélérerait à son tour son évolution, le rendant potentiellement encore plus apte à infecter les gens.
Pour l'instant, le virus de la variole du singe n'est pas très doué pour infecter les humains. C'est un généraliste qui semble se développer chez diverses espèces animales - la plupart des rongeurs - en Afrique subsaharienne. De temps à autre, le virus s'est propagé chez l'homme, qui a parfois infecté quelques autres personnes. Bien que les épidémies soient devenues plus fréquentes ces dernières années(voir Perspective), elles ont généralement été de faible ampleur. Après chaque émergence, le virus a apparemment disparu à nouveau de la population humaine.
Cette fois-ci, c'est différent, car la variole du singe a continué à se propager d'homme à homme dans une épidémie mondiale. "Nous n'avons jamais vu ce virus avec une telle possibilité de s'adapter à l'homme auparavant", déclare Terry Jones, biologiste informaticien à l'hôpital universitaire Charita de Berlin et l'un des auteurs de la préimpression de juillet.
Les cas signalés diminuent dans de nombreux pays occidentaux - très probablement en raison des changements de comportement et de la vaccination - et les responsables de la santé publique en Europe parlent déjà d'éliminer le virus dans la région. Mais les infections sont toujours en hausse ailleurs dans le monde. Dans de nombreux endroits, les vaccins ne sont pas disponibles, ou bien les personnes à risque manquent d'informations sur les moyens d'éviter l'infection ou craignent de les demander, car les relations sexuelles entre homosexuels sont criminalisées.
Des chercheurs du monde entier étudient actuellement les génomes du virus de la variole du singe provenant de patients récents afin de comprendre comment le virus a évolué jusqu'à présent. Il est plus difficile et plus coûteux d'obtenir des séquences de haute qualité que pour le SRAS-CoV-2, non seulement parce que le génome de la variole du singe est très vaste, mais aussi parce que des régions cruciales situées à proximité de ses extrémités peuvent être pleines de répétitions ou de délétions qui peuvent faire trébucher les chercheurs lorsqu'ils assemblent les séquences. "La manipulation de ces génomes est plus complexe que celle des virus à ARN", déclare Richard Neher, biologiste informaticien à l'université de Bâle. "Il sera plus important qu'avec le SRAS-CoV-2 que les gens partagent leurs données brutes".
